針對審計部報告指出砂糖平準基金喪失設置平準功能，台糖表示，雖然台灣目前已無出口砂糖，且進口全面自由化，但砂糖平準基金條例為台糖辦理原料甘蔗保價收購的法源依據，可以確保蔗農權益，在台灣仍維持種植甘蔗情形下，建議暫不裁撤基金。
審計部報告指出，政府早期為穩定國內砂糖外銷價格，設立台灣地區砂糖平準基金，鑑於台灣砂糖市場自94年間全面自由化，此基金已長期喪失設置平準功能，且基金鉅額賸餘滯留，應審慎評估存續必要性，並研議將基金賸餘辦理繳庫，以增進政府財務運用效能。
台糖表示，依據「台灣地區砂糖平準基金條例」第1條規定，砂糖平準基金為穩定台灣地區砂糖外銷，儲備保證糖價差額資金，並增進蔗農利益。
台糖表示，自民國80、81年起，台灣自產糖量已不足國內消費需求，由砂糖出口國變成進口國，經濟部於94年3月曾就砂糖平準基金進行檢討，考量台灣砂糖進口雖已於94年2月7日全面自由化，但依據行政院94年2月4日核定的「糖業經營策略及未來砂糖進口制度」，指示台糖公司未民營化前，不得強迫蔗農放棄續約或強制減少種植面積，並繼續以每公噸新台幣2萬4878元收購蔗農糖。
台糖說明，台灣地區砂糖平準基金條例的存在，使支付蔗農保證糖價得以有法源依據，可以保障蔗農權益。
此外，農業部前身農委會於103年5月22日曾針對「台灣地區砂糖平準基金」是否裁撤一案表示，「台灣地區砂糖平準基金條例」授予台糖公司辦理原料甘蔗保價收購的法源，為確保蔗農權益及順遂推動農業政策，在維繫製糖產業需求下，認為不宜裁撤。
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